МАХН-ын Төв Хороо, БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 1979.05.29-ний өдрийн “Батлан хамгаалах хүчийг бэхжүүлэх талаар авах зарим арга хэмжээний тухай” 13 тоот тогтоолоор “оператив, байлдааны болон улс төрийн бэлтгэлийн тэргүүн туршлагыг нэгтгэн дүгнэж нэвтрүүлэх, цэргийн түүх судлах зорилгоор БХЯ-ны цэргийн түүхийн болон Ардын Армийн Жанжин Штабын цэргийн эрдэм шинжилгээний тасгийг нэгтгэн “Цэргийн эрдэм шинжилгээний институт”-ыг байгуулсан.

Тус хүрээлэн энэ хугацаанд 7 удаа бүтэц зохион байгуулалтын өөрчлөлтөд орсон байна. 1990 оноос Цэргийн түүхийн хүрээлэн, 1991 оноос Цэргийн Их Сургуулийн эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1993 оноос БХЯ-ны Эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1996 оноос ЦИС-ийн Цэргийн эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1999 оноос Батлан хамгаалахын их сургуулийн харьяа Батлан хамгаалахын эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 2023 оны 12 дугаар сарын 27-ноос Батлан хамгаалах яамны харьяанд ажиллаж байна.

2024 оноос Аюулгүй байдал судлалын төв, Батлан хамгаалах судлалын төв, Бодлогын дүн шинжилгээний төв, Цэргийн урлаг судлалын төв, Инновац, технологи дамжуулалтын төв, Цэргийн түүх судлалын төв, Энхийг дэмжих олон улсын судалгааны төв гэсэн шинэ бүтэц, зохион байгуулалтад шилжин ажиллаж байна.