МАХН-ын Төв Хороо, БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 1979.05.29-ний өдрийн “Батлан хамгаалах хүчийг бэхжүүлэх талаар авах зарим арга хэмжээний тухай” 13 тоот тогтоолоор “оператив, байлдааны болон улс төрийн бэлтгэлийн тэргүүн туршлагыг нэгтгэн дүгнэж нэвтрүүлэх, цэргийн түүх судлах зорилгоор БХЯ-ны цэргийн түүхийн болон Ардын Армийн Жанжин Штабын цэргийн эрдэм шинжилгээний тасгийг нэгтгэн “Цэргийн эрдэм шинжилгээний институт”-ыг байгуулсан.

Тус хүрээлэн энэ хугацаанд 6 удаа бүтэц зохион байгуулалтын өөрчлөлтөд орсон байна. 1990 оноос Цэргийн түүхийн хүрээлэн, 1991 оноос Цэргийн Их Сургуулийн эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1993 оноос БХЯ-ны Эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1996 оноос ЦИС-ийн Цэргийн эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, 1999 оноос Батлан хамгаалахын их сургуулийн Батлан хамгаалах эрдэм шинжилгээний хүрээлэн болон зохион байгуулагдсан.

Батлан хамгаалахын сайдын 2016 оны 06 дугаар сарын 14-ний өдрийн А/177 дугаар тушаалаар  тус хүрээлэн нь Аюулгүй байдал, батлан хамгаалах судлалын төв, Батлан хамгаалахын дүн шинжилгээний төв, Цэргийн урлаг судлалын төв, Байлдааны зэвсэглэл, техник, технологи судлал, инновацийн төв, Цэргийн түүх судлалын төв бүхий шинэ бүтэц, зохион байгуулалтад шилжин ажиллаж байна.